НО...
Точно в тези две неща се крият проблемите, които вярно засягат 1%, но както казваше един бивш колега (който се специализира на тема банкови и банкови офис шефове) - при съкращенията от 20%, процентите на съкратени са точно 20% когато не те засегнат. Но когато ти си съкратен, 20-те процента за теб са 100%...

За конфликта на дублиран потребителски достъп, заради който не може да се инсталира дадена програма, засега няма и да пиша - това засяга 0.1%.
Използвам LUKS Manager, което си е реализация на познатата LUKS линук система за криптиране на дискове. До 6.0 всичко работеше ПЕРФЕКТНО, НО... сега, заради различната идеология, все още новата LUKS Manager програма не е готова, а бета версията работи, но не навсякъде. Идеята е че в крайна сметка имаме ресурс /dev/mapper/crvol който е търсеният криптиран дял.
По подразбиране се mount-ва от LUKS Manager
/dev/mapper/crvol /storage/emulated/0/crvol
което си е точката crvol на SD картата. Смисъла е че криптирания дял просто изглежда като папка (crvol) на SD картата.
И стигаме до "НО"-то.

А ако точката на монтиране е извън SD карата - примерно в /mnt/crvol, то тогава всичко си е перфектно и всичко се вижда, НО (да, отново)... доста програми "не виждат" нещо различно от SD картата, а такава е CoolReader-а т.е. това определено е проблем за мен.

LUKS Manager поддържа потребителски mount, pre-mount и т.нт скриптове така че не е проблем да се натвори каквото и да е. Опитах с:
umount /sdcard/crvol
и после
mount -o rw,fmask=0000,dmask=0000 -t vfat /dev/mapper/crvol /sdcard/crvol
Същото... И дори така:
mount -o rw,fmask=0000,dmask=0000,nosuid,nodev,noexec,noatime,user_id=1023,group_id=1023,default_permissions,allow_other -t vfat /dev/mapper/crvol /sdcard/crvol
Достъпите на всичко изглеждат добре, проследени от начало ('/'), до последната папка.

Google не дава информация и дори във форума на 4pda.ru няма нещо полезно по въпроса, освен един скрипт който реално прави същото и уви - със същия резултат или по-точно липсата му. На пръв поглед причината за проблема някъде се крие в идеологията за форматиране на картата, като памет - част от телефона. Но това изобщо не трябва да е причина за такъв проблем.
Върши работа всичко, дори обща посока на проблема, за да мога да го захвана от някой край.

Ще свърши работа само и идея за CoolReader-а (за да може да прочете нещо различно от картата). В крайна сметка при мен само той не работи с /mnt/crvol. Всичко останало (AIMP, MX Player и т.нт.) работи идеално.